Un pathogène, ou agent pathogène, est un micro-organisme capable de provoquer une maladie chez un hôte, qu’il soit humain, animal ou végétal. Les bactéries, les virus, les champignons et les parasites sont des pathogènes. Par exemple, l’agent pathogène responsable de la maladie du sida est le virus de l’immunodéficience humaine (VIH). Chez les individus d’une même espèce, un pathogène peut se transmettre de manière directe ou vectorielle. Dans la transmission directe, le pathogène se transmet d’un individu à un autre par contact ou via le milieu (air, eau), sans espèce intermédiaire. C’est le cas du VIH. Lors d’une transmission vectorielle, le pathogène a besoin d’une autre espèce (vecteur) pour contaminer un nouvel individu. C’est le cas du Plasmodium, un parasite à l’origine du paludisme. Celui-ci se transmet d’un humain à un autre suite à la piqûre d’un moustique.